Для лучшей производительности вот что я написал:
(см. план выполнения)
DELETE FROM your_table
WHERE rowid IN
(select t1.rowid from your_table t1
LEFT OUTER JOIN (
SELECT MIN(rowid) as rowid, column1,column2, column3
FROM your_table
GROUP BY column1, column2, column3
) co1 ON (t1.rowid = co1.rowid)
WHERE co1.rowid IS NULL
);