Вы можете попробовать это:
Создайте новый класс, который делает то, что делает java.util.XMLUtils, но в методе save измените это:
Set keys = props.keySet();
Iterator i = keys.iterator();
до
Set keys = props.keySet();
List<String> newKeys = new ArrayList<String>();
for(Object key : keys)
{
newKeys.add(key.toString());
}
Collections.sort(newKeys);
Iterator i = newKeys.iterator();
Расширьте свойства и переопределите метод storeToXML класса Properties, чтобы вызвать метод сохранения вашего нового класса.