Да, у меня была та же проблема сегодня, они обновили js sdk, и теперь высота неверна, так как я не могу предсказать правильную высоту своей страницы, я использую jquery, и некоторые вещи задерживаются.и загружается через несколько секунд, я использую таймаут:
FB.Array.forEach([300, 600, 1000, 2000], function(delay) {
setTimeout(function() {
FB.Canvas.setSize({height: $(document).height()});
}, delay)
});