У меня была та же проблема, и она была вызвана дублированием идентификаторов на разных страницах моего HTML.
Несмотря на то, что дублированные идентификаторы были на разных html-страницах, JQuery Mobile компилирует все ваши HTML-файлы в один HTML-документ, чтобы он мог выполнять переходы страниц.
Это приводило к некорректному HTML и вызывало мигание, подобное тому, что вы описали.
Как только я исправил проблему с дублирующимися идентификаторами, все работало прекрасно.
ОБНОВЛЕНИЕ: переполнение стека Ответ, здесь объясняющий больше о проблеме дублирующихся идентификаторов в Jquery Mobile https://stackoverflow.com/a/8608474/271125