После развертывания все файлы, помеченные как данные, помещаются в папку ApplicationDeployment.DataDirectory. Я не знаю, как это изменить. Вы можете скопировать файлы данных во время первого запуска вашего приложения, но этот подход не выдержит никаких обновлений, которые включают изменения файла данных.
В качестве альтернативы, если вы контролируете местоположение папки данных во время разработки, вы можете разместить ее в том же относительном (к папке приложения) месте, которое будет указано после развертывания.