Проверьте, совпадает ли установленный вами phpunit и тот, который вы установили:
$ pear list phpunit/phpunit
...
script /path/to/phpunit
...
Попробуйте выполнить именно этот phpunit с полным путем.
Затем проверьте свой путьпеременной и посмотрите, есть ли в ней правильный каталог.Если нет, то исправьте это.
Если это не поможет, напишите что-нибудь в исполняемый файл phpunit, например, "echo 123;"и запустить phpunit.Проверьте, видите ли вы это.