Я получил немного по той же проблеме (на этот раз в XCode 5.0.2). В моем случае, что случилось, было то, что XCode решил избежать кавычек уже в "Настройках сборки". Так, например:
"$(SRCROOT)/../GoogleAdMobAdsSdkiOS-6.4.1"
стал
\"$(SRCROOT)/../GoogleAdMobAdsSdkiOS-6.4.1\"
, что привело к сбою сборки ...
Как только я удалил экранирование в кавычках, все снова заработало нормально. Кроме того, вероятно, было бы лучше вообще удалить кавычки, если они вам не нужны.