Попробуйте это: Преобразование БД SQL Server в БД SQLite
Это бесплатный конвертер .net в CodeProject, автор которого заявил:
Мне нужнопреобразовать существующие базы данных сервера SQL в базы данных SQLite в рамках программы миграции баз данных и не нашел достойного бесплатного конвертера для этой работы.
Поэтому я предполагаю, что он потратил некоторое время на поиск того, чтовы ищете, и вам тоже не повезло.
Исходный код доступен и хорошо документирован (согласно постеру).