Я использовал jQuery на iPhone. Помните, что Mobile Safari не является официально поддерживаемым браузером для jQuery. Но это достаточно близко к Safari, что большинство вещей работает.
Если я правильно помню, событие mousedown не происходит до тех пор, пока не произойдет наведение мышки, и в этот момент оба огня. Я думаю, что большинство вещей будет работать, но вам нужно все тщательно проверить.
Мой опыт показывает, что смена DOM происходит неожиданно медленно. Вещи, которые летают на эмуляторе, могут перетащить на устройство. (Вы упомянули, что будете использовать эмуляторы - НЕ доверяйте производительности, которую вы получаете на них.)
jQuery может быть излишним. В конце концов я положился на XUI, который дает вам много jQuery, но гораздо более легкий и дает вам сенсорные события. http://github.com/brianleroux/xui/tree/master
ppk начал тестирование мобильных браузеров. http://www.quirksmode.org/m/w3c_core.html