Имея в виду сценарии, в которых отсутствует расширение файла или имеется более одного расширения файла
пример Имя файла: файл | file.txt | file.tar.bz2
/**
*
* @param fileName
* @return file extension
* example file.fastq.gz => fastq.gz
*/
private String extractFileExtension(String fileName) {
String type = "undefined";
if (FilenameUtils.indexOfExtension(fileName) != -1) {
String fileBaseName = FilenameUtils.getBaseName(fileName);
int indexOfExtension = -1;
while (fileBaseName.contains(".")) {
indexOfExtension = FilenameUtils.indexOfExtension(fileBaseName);
fileBaseName = FilenameUtils.getBaseName(fileBaseName);
}
type = fileName.substring(indexOfExtension + 1, fileName.length());
}
return type;
}