Если я правильно вас понял, вы хотите центрировать элемент по вертикали и горизонтали, основываясь на окне, а не на документе. Это может быть немного болезненно, но вы можете использовать javascript для определения размера окна, положения прокрутки, размера элемента и т. Д., А затем расположить элемент в центре окна (не документа, а видимого окна).
Если вы хотите, чтобы этот элемент оставался в модуле окна при прокрутке, вам нужно захватить событие прокрутки и отрегулировать положение.
Код для этого отличается от одного браузера к другому.