Способ, которым был разработан класс Image Manipulation, заключается в том, что если вы хотите использовать его более одного раза в одном и том же сценарии, вы должны выполнить:
$this->image_lib->clear();
между обрабатываемыми изображениями.
Это удаляет все предыдущие настройки и дает вам чистый лист для следующего кадрирования / поворота / водяного знака / чего угодно ...