Короче говоря, вы не можете.
В более длительном периоде есть такие проекты, как etckeeper, которые могут делать это автоматически, или вы можете написать небольшой скрипт-хук, который исправит права доступа (что, вероятно, какЯ бы сделал это).
Например, если вы делаете что-то такое:
#!/bin/sh
chmod -R XXX file_or_directory/
К, например, scripts/fix_permissions/
, то запускайте его как пост-получение перехватите, связав его с .git/hooks/post-receive
на сервере.