Я не совсем уверен, сможете ли вы сделать это так, как вам нравится.
Для начала обратитесь к Windows API для работы с файлами RIFF (это группа файлов для файлов WAV.)
Вам нужно будет прочитать заголовки, извлечь данные и распаковать их, чтобы получить формат необработанных данных. Я полагаю, что данные заголовка скажут вам, какой кодек использовался для сжатия.
Вам необходимо выполнить некоторую обработку необработанных данных. Преобразование в моно и 16 бит может не быть проблемой, но я не слишком уверен в изменениях частоты дискретизации.
Затем вы можете выполнить повторное сжатие, используя указанный кодек.