Я знаю, что это старый пост, но ...
У меня возникла эта проблема, и я установил, что моя проблема на самом деле не экземпляр EC2. Кажется, что это может быть ошибка в программном драйвере клиента MySQL. Я еще не провел тщательного исследования, но я дошел до того, что установил MySQL Workbench на экземпляр EC2, и ИТ-служба также нестабильна - периодически не удается подключиться (ошибка «соединение отменено»). Эта ссылка предлагает возможную ошибку ниже стека, а не EC2.
Конечно, я не проводил исчерпывающих исследований, и мой пост может быть фактически неуместным, но его стоит отметить и / или изучить в любом случае, ИМХО.