Если источник данных доступен через JNDI, вам просто нужно установить свойство конфигурации hibernate.connection.datasource - ответ mtpettyp демонстрирует это.
Если вы не находитесь в среде, в которой ваши источники данных происходят из JNDI, предоставьте свою собственную реализацию ConnectionProvider и передайте ее объекту Settings перед созданием фабрики сеанса или укажите его имя класса в hibernate.connection. свойство provider_class. Если вы предоставляете экземпляр для настроек, вы, вероятно, можете создать экземпляр стандартного DatasourceConnectionProvider и предоставить ему свой DataSource.