В интересах других, кто может столкнуться с этим, я нашел решение: "wx.App_SetMacPreferencesMenuItemId (wx.ID_NONE)". Хитрость заключается в том, чтобы сделать это до создания меню, а не после. На wxPython 2.9.1.1 он выбрасывает пункт меню «Настройки» (что мне достаточно). На 2.9.2 он полностью удалит элемент.