Если у вас нет информации о размере до запуска, создайте два одномерных списка.
список 1: для хранения строк
Список 2: Актуальная двумерная матрица
Сохранить всю строку в первом списке. После этого добавьте список 1 в список 2:
from random import randint
coordinates=[]
temp=[]
points=int(raw_input("Enter No Of Coordinates >"))
for i in range(0,points):
randomx=randint(0,1000)
randomy=randint(0,1000)
temp=[]
temp.append(randomx)
temp.append(randomy)
coordinates.append(temp)
print coordinates
Выход:
Enter No Of Coordinates >4
[[522, 96], [378, 276], [349, 741], [238, 439]]