Я бы сказал:
Если классы относятся к приложению, например, проверка логина поместите его в приложение / библиотеки.
Если классы относятся к MVC, например класс сеанса положить его в / библиотеки
/
является вашим DocumentRoot.
Кстати, я пишу MVC для моего проекта. Что ~ 90% завершено.
Рекомендуется сохранять файлы как можно более изолированными (по опыту).
Вот структура каталогов Obullo MVC:
