Как насчет этого:
При первой загрузке страницы сделайте следующее:
var myTable = document.getElementById("myTable");
myTable.oldHTML=myTable.innerHTML;
Затем, когда вы хотите очистить таблицу:
myTable.innerHTML=myTable.oldHTML;
Результатом будут ваши строки заголовка, если это все, с чего вы начали, производительность значительно выше, чем зацикливание.