Вы можете использовать что-то вроде этого:
InputStream is = this.getClass().getClassLoader().getResourceAsStream(fileFromJarFile);
Если бы foo.txt был в корне вашего JAR-файла, вы бы использовали:
InputStream is = this.getClass().getClassLoader().getResourceAsStream("foo.txt");
предполагает, что класс находится в том же файле JAR, что и ресурс, я считаю.