Это то, что Aptana наследует от Eclipse, который жестко запрограммирован для рисования прямоугольника вокруг символа совпадающей пары. Так что, к сожалению, это не то, что вы можете изменить прямо сейчас.
Для совпадений пар тегов в HTML / XML (пара тегов открывать / закрывать, но не меньше / больше, чем) можно изменить способ отображения в Параметры> Общие> Редакторы> Текстовые редакторы> Аннотации .