Возможность 1:
Просто создайте 2 .bat файла и напишите в первый:
start <filename> // name of 2nd batch file
exit
Пакетный файл 2 - это файл, который в конце не закроется.
Так что теперь, когда вы открываете пакет № 1, он начнет 2-й и само одеться.
Когда второе закончится, оно не закроется полностью (если вы не поставите выход в конце)
Возможность 2:
Пакетный файл 1:
call <filename>
cls
echo End of file
pause
<any code you want>
Когда второй файл завершится, он снова перейдет к файлу 1 и выведет остаток. С этим вы даже можете сделать обработчики ошибок. В случае сбоя nr.1 он переходит в nr.2 и отображает его