Вы можете написать в файл так:
bcp.exe "select top 0 * from (select 1 as iCol) as t for xml auto, xmlschema" queryout outfile.xsd -T -c
Я использую TOP 0, чтобы исключить xml из фактических данных запроса, поскольку вам нужна только схема. -C указывает, что это выходные данные в виде простых символов, вместо этого используйте -w, если хотите вывод utf-16 (unicode).
РЕДАКТИРОВАТЬ - и если вы хотите изменить структуру xml, посмотрите на PATH с FOR XML.