Любое использование метода может привести к некоторым условиям, когда оно может стать точкой отказа для приложения.
Я лично считаю, что extract () не следует использовать для ввода данных пользователем (это не предсказуемо) и для данных, которые не очищаются.
Даже в коде ядра CodeIgniter используется извлечение, поэтому использование метода не должно причинить вреда, если данные очищены и обработаны должным образом.
Я использовал извлечение в моделях CodeIgniter с переключателем EXTR_IF_EXISTS и ограничением количества переменных, это работает довольно хорошо.