Я столкнулся с этим вопросом не так давно. Короткий ответ: если вы запускаете 32-битное приложение на 64-битной машине, его ключи реестра находятся под Wow6432Node.
Например, предположим, у вас есть приложение, которое хранит информацию о реестре в:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\CompanyX
Если вы скомпилируете свое приложение как 64-битный двоичный файл и запустите его на 64-битном компьютере, то ключи реестра находятся в расположении выше. Однако, если вы скомпилируете свое приложение как 32-разрядный двоичный файл и запустите его на 64-разрядном компьютере, информация о реестре теперь находится здесь:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\CompanyX
Это означает, что если вы запустите 32-битную и 64-битную версии вашего приложения на одном компьютере, то каждый из них будет рассматривать разные наборы ключей реестра.