Вот что я использовал для перенаправления в подкаталог. Это делало это незаметно и до сих пор позволяет проходить запросы, которые соответствуют существующему файлу или чему-либо еще.
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?site.com$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/subdir/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ /subdir/$1
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?site.com$
RewriteRule ^(/)?$ subdir/index.php [L]
Измените site.com и subdir со своими значениями.