Я знаю, это звучит очевидно, но если я пишу код для жизни, я бы обязательно делал полное резервное копирование еженедельно с соответствующими инкрементными резервными копиями ежедневно.
Простое и легкое восстановление.
Чтобы упростить резервное копирование каталога eclipse и предположить, что вы используете Linux, вы можете использовать rsync.
rsync -ar
Вы можете поместить это в cron и автоматически создавать резервные копии ваших файлов. Измененные файлы будут скопированы только в вашу резервную копию-eclipse-dir при последующих запусках.