Да, вы можете использовать ту же базу данных.
Некоторые люди используют Django поверх PHP-приложения для его функций администратора или для создания новых функций с помощью Django и его ORM.
Я пытаюсь сказать, что если вы помещаете данные из своего сканирования в то же место, в котором вы разрешаете Django хранить свои данные, вы можете получать к ним доступ, пока вы создаете модели Django для каждой таблицы.
Однако я не понимаю, почему сканер не может быть написан внутри самого Django. Я написал несколько не веб-приложений (сканер и агрегатор) в Django, и он работает довольно хорошо.