Flex работает и в Linux, а Flash - нет.
Flex - это своего рода Flash CS 4 второе издание.
Flex менее графичен, поскольку разделяет компилятор и IDE, что позволяет выполнять компиляцию из командной строки (так сказать, make-файлы, большие проекты), что позволяет использовать альтернативные IDE для Flash.
Редактировать:
Во Flex отсутствуют некоторые классы, которые есть во Flash CSX (например, fl.controls), а во Flash отсутствуют некоторые классы, которые есть во Flex (например, mx.controls или mx.alert).
Всего:
Вы можете бесплатно получить собственный Flash-компилятор, загрузив Flex 4 SDK и FlashDevelop.
Но это не заменит Flash.
Flash создает файлы намного меньшего размера (например, Flash компилирует проект до 100 КБ, в то время как Flex компилирует тот же проект до 500 КБ). Так что Flash предназначен для мультимедийных приложений в Интернете, а Flex - для мультимедийных приложений для настольных компьютеров.