Я в основном работаю с PHP. Я регулярно использую:
Среда кодирования: Netbeans, vim
Framework: Zend Framework (иногда Code Igniter)
Устранение неполадок и профилирование: xdebug, webgrind (или kcachegrind)
База данных: MySQL
Сервер: Apache
Оболочка: Баш
Ссылка: php.net, (а иногда и StackOverflow!)
Контроль версий: Subversion, Vault (не по выбору)