Так как это общий вопрос, я просто дам общий ответ:
Если отслеживаемое приложение можно запустить из командной строки, то любой из языков высокого уровня (Python, Ruby и т. Д.) Сможет запустить приложение и запустить таймер.
Завершение работы приложения зависит от того, что вы подразумеваете под «изящным». Если вы просто хотите остановить приложение, вы можете выполнить команду kill, но возможность его «изящного» завершения зависит от того, насколько приложение само себя представляет. Можете ли вы использовать Applescript или другие языки сценариев, чтобы попросить его корректно завершить работу?