В любом случае вы должны использовать virtualenv для всех своих проектов на Python: просто установите модули, необходимые для любого проекта, над которым вы работаете, а не пытайтесь беспокоиться о «совместном использовании».Для модулей, которые компилируют файлы, вы, вероятно, все равно столкнетесь с проблемами при этом.