Вы можете использовать моно для статического связывания всех необходимых библиотек.
Конечно, это ограничивает вас монофонической реализацией фреймворка, которая улучшается, но в некоторых местах все еще не завершена.
Обновление:
Исходя из ваших различных комментариев, мое лучшее предложение - использовать версию 2.0 фреймворка. Это прекрасно установится на Windows 2000 без проблем, и вы можете настроить таргетинг на Visual Studio 2008, если вам нужно.
Мне также немного любопытно ваше требование Windows 2000. Вы развертываете в бизнес или дома?
Почти у домашних пользователей практически нет Windows 2000. Домашние пользователи в итоге вздрогнули (вздрогнули) под Windows ME, которая была выпущена примерно в то же время, и по этой причине почти полностью перешли на Windows XP. С большей вероятностью вы будете видеть в качестве машины Windows 98 дома, чем Windows 2000, и даже Microsoft не поддерживает Windows 98.
С другой стороны, очень многие компании все еще используют машины с Windows 2000 в большом количестве. Но бизнес-среды обычно не имеют проблем с установкой .Net Framework. При необходимости они даже могут автоматически добавлять его на компьютеры через развертывание групповой политики.