В справочнике V3 я не смог найти ничего, что явно очистило бы наложения, созданные на карте, и я не смог найти ни одного примера кода, который бы это делал.
Я думаю, что важно отметить, что API V3 является очень ранним выпуском разработчика и содержит только очень базовый набор функций. Вполне возможно, что они просто еще не достигли этой функциональности. Если вы работаете с работающей системой, я советую вам придерживаться V2, пока V3 не станет более зрелым.
В группе разработчиков есть сообщение, в котором задается вопрос о том, как использовать API, с очень полезным ответом от менеджера продукта V3:
Заблуждение о вариантах v3
EDIT:
ОК, похоже, что эта функциональность отсутствует в API намеренно, чтобы облегчить его. Вы должны сами следить за объектами наложения и звонить:
object.set_map(null);
чтобы удалить их.