Сначала вы разделяете значения двух полей ввода с помощью функции разделения.
затем конкатать то же самое в обратном порядке.
после конкат нации разобрать его на целое число.
затем сравните два значения в операторе if.
например, 1> 20-11-2018 2> 21-11-2018
после разделения и сопоставления новые значения для сравнения 20181120 и 20181121 после этого сравнивают одинаково.
var date1 = $('#datevalue1').val();
var date2 = $('#datevalue2').val();
var d1 = date1.split("-");
var d2 = date2.split("-");
d1 = d1[2].concat(d1[1], d1[0]);
d2 = d2[2].concat(d2[1], d2[0]);
if (parseInt(d1) > parseInt(d2)) {
$('#fromdatepicker').val('');
} else {
}