Контейнеры STL должны иметь возможность копировать элементы, которые вы в них храните, и рассчитаны на то, чтобы ожидать, что оригинал и копия будут эквивалентны. Объекты с автоматическим указателем имеют совершенно другой контракт, в результате чего копирование создает передачу права собственности. Это означает, что контейнеры auto_ptr будут демонстрировать странное поведение в зависимости от использования.
В Effective STL (Скотт Мейерс), пункт 8, приведено подробное описание того, что может пойти не так, а в Effective C ++ (Скотт Мейерс), пункт 13, не так подробно.