Теги HTML5 почти всегда используют такие атрибуты, как идентификатор, класс и т. Д. Так что код для замены будет:
$html = file_get_contents($url);
$search = array(
"<header", "</header>",
"<nav", "</nav>",
"<section", "</section>",
"<article", "</article>",
"<footer", "</footer>",
"<aside", "</aside>",
"<noindex", "</noindex>",
);
$replace = array(
"<div", "</div>",
"<div", "</div>",
"<div", "</div>",
"<div", "</div>",
"<div", "</div>",
"<div", "</div>",
"<div", "</div>",
);
$html = str_replace($search, $replace, $html);
$dom = new DOMDocument();
$dom->loadHTML($html);