Да и да: на стороне сервера вы всегда захотите использовать jndi и пул соединений
JNDI - это распространенный способ указать соединение с базой данных, поэтому вашему приложению нужно только знать его имя, способ определения зависит от контейнера. Чаще всего это будет включать в себя правильный пул соединений. Это очень важно, вы не знаете, сколько одновременных соединений у вас будет, поэтому без объединения вы наверняка взорвете свой сервер.
Ресурсы: разве нет примеров с GWT? Я помню, как смог создать пустой серверный сервис с помощью плагина Eclipse.
Рекомендация: держите свои соединения с БД как можно быстрее и короче и возвращайте их в пул как можно скорее.