Я видел эту проблему, когда аннотировал класс с помощью @ManagedBean (javax.annotation.ManagedBean). При запуске недавно выполненного приложения на JBoss EAP 6.2.0 появилось предупреждение. Игнорирование и запуск в любом случае не помогли - точка останова не была достигнута.
Я вызывал этот бин, используя EL на странице JSF. Теперь ... возможно, что @ManagedBean не годится для этого (я новичок в CDI). Когда я изменил свою аннотацию на @Model, мой компонент был выполнен, но предупреждение о точке останова также исчезло, и я достиг точки останова, как ожидалось.
Подводя итог, можно сказать, что аннотация @ManagedBean испортила номера строк независимо от того, была ли эта аннотация неправильной.