Я предлагаю использовать инструмент "dos2unix", пожалуйста, протестируйте для запуска dos2unix ./thefile.js
.
При необходимости попробуйте использовать что-то подобное для нескольких файлов:
for x in $(find . -type f -exec echo {} +); do dos2unix $x ; done
С уважением.