Чтобы загрузить файл, необходимо выполнить полную обратную передачу страницы ASP.NET, он не работает с методом частичной обратной передачи.
Вам нужно зарегистрировать кнопку, которая «загружает» ваш файл, как PostBackTrigger триггеров UpdatePanel.
Существует множество бесплатных (и несвободных) решений для загрузки файлов AJAX, или вы можете легко их создать, достаточно просто поместить свой элемент управления загрузкой файлов в iframe и отправить страницу iframe обратно на сервер. Это не на самом деле AJAX, но он дает визуальное впечатление от AJAX.