Очевидно, что ваш JAR не загружен системным загрузчиком классов, поэтому getSystemResource()
не может работать. Это должно работать:
ClassFromProjectA.class.getClassLoader().getResource("R.txt")
IMO более удобно размещать ресурсы в одном пакете с классами, которые их используют, так что вы можете использовать более короткий
ClassFromProjectA.class.getResource("R.txt")
(или внутри этого класса просто getClass().getResource("R.txt")
)