В MySql:
select timediff(t2.DownTime,t1.DownTime1)
from mt_upload t1, down_time t2
where t1.id=<some_id> and t2.id=<some_id>;
(конечно, вам нужны идентификаторы для выбора нужных записей)
Возвращает строку в форме ЧАСЫ: МИНУТЫ: СЕКУНДЫ
Если вы хотите количество секунд, вы можете сделать это:
select hour(timediff(t2.DownTime,t1.DownTime1))*3600
+minute(timediff(t2.DownTime,t1.DownTime1))*60
+second(timediff(t2.DownTime,t1.DownTime1))
from mt_upload t1, down_time t2
where t1.id=<some_id> and t2.id=<some_id>;