«Открывает порт» неоднозначно, я предполагаю, что вы имеете в виду «открывает TCP-соединение».
Нет причин, по которым описанная вами схема не может работать, но вы не предоставили достаточно информации, чтобы сузить причину возникшей проблемы.
Когда ваш PHP-скрипт получает пустой ответ от вашего Java-кода, это может быть из-за разрыва соединения, но более вероятно, что код на одном конце или другом имеет ошибку. Убедитесь, что вы проверяете все значения результатов на наличие ошибок.
Если вам нужна помощь в поиске проблемы, вам нужно будет опубликовать больше подробностей, в идеале самый маленький пример реального кода (для обоих концов соединения), который вы можете получить, чтобы показать проблему.