Основное правило заключается в том, что ваш jQuery (или, если на то пошло, любой js lib) должен быть найден в том же проекте, который вам необходим для автоматического завершения. Так что просто поместите jquery-1.x.y.js где-нибудь в вашем проекте (это может быть достигнуто NetBeans, когда он достигнет вашего js-файла), и вам будет хорошо.
Для проверки вы можете поместить файл jQuery в ту же папку, что и редактируемый файл js.