Вопрос не так понятен, пример мог бы помочь. Но насколько я понимаю, вы хотите иметь возможность изменять схему в MongoDB, не нарушая документы, сохраненные в IndexedDB, и вы не хотите обновлять схему в IndexedDB каждый раз, когда вы меняете схему в MongoDB. Вы можете использовать PouchDB, который может использовать IndexedDB за сценой, и он будет соответствовать той же схеме, что и в вашем MongoDB. PouchDB очень хорошо интегрируется с MongoDB. Таким образом, если вы смоделируете изменения в MongoDB, когда документ в конечном итоге будет сохранен в PouchDB (IndexedDB), документ будет иметь ту же схему! Для вашей информации, PouchDB является эквивалентом MongoDB, но в браузере.