Скорее всего, вы применяете display: none;
к элементу div, содержащему объект flash, а не сам объект flash.
Сегодня я баловался с подобной проблемой, и, хотя у меня нет точного решения для вас, у меня есть возможность, которую вы можете попробовать, прыгнув между div, попытаться выключить плеер:
$(flashobjectid).attr('height', '0');
Если используемый вами флэш-плеер является наиболее часто используемым jw-плеером, то вы можете сделать (когда вы скрываете div):
document.getElementById(playerId).sendEvent("PLAY","false");