Если вы удалите метаданные, фреймворк не сможет загрузить ваш код или выяснить, на какие другие сборки он ссылается, или что-то в этом роде, так что нет, это не очень хорошая идея.
Обфускаторам будет намного сложнее "атакующему" декомпилировать ваш код, но, в конце концов, если кто-то мотивирован и умен, вы не сможете ничего сделать, чтобы остановить его.
.NET всегда компилируется до MSIL, и MSIL по своей природе легче читать, чем сырой x86. Это всего лишь один из компромиссов, которые вы делаете для использования .NET.
Не беспокойся об этом. Исходный код apache, linux и всего остального свободно доступен в сети, но это не дает Майкрософт больших конкурентных преимуществ: -)