Это будет «безопасно», так как вы не сломаете репозиторий, ваши рабочие копии или любую будущую функциональность.
Но мне нравится идея их сохранения просто потому, что в теории вы могли бы пойти и разобраться, кто на самом деле выполнил конкретную часть работы и какова ее настоящая история (в теории, если вы достаточно заботились). Если вы удалите информацию о слиянии, у вас больше не будет подсказки, откуда появился связанный код.
Однако это слабый аргумент в пользу сохранения этой информации, если она выходит из-под контроля и вызывает проблемы, или даже если она просто вас раздражает.
Возможно, вы могли бы оставить его на пару ревизий, а затем избавиться от "старых". Таким образом, обвиняющий перевернет ревизию слияния, что также позволит вам найти связанную информацию о слиянии, как это было тогда.